Cơ sở hạ tầng logistics tại Việt Nam còn nghèo nàn, quy mô nhỏ và chưa đồng bộ. Hệ thống cơ sở hạ tầng giao thông bao gồm trên 17.000 km đường nhựa, gần 3.200 km đường sắt, 41.000 km đường thủy, 126 cảng và 135 sân bay. Tuy nhiên hệ thống giao thông này không đồng đều, yếu kém, có những chỗ chưa đảm bảo kỹ thuật. Việt Nam được xếp hạng thấp nhất về cơ sở hạ tầng vận chuyển hàng hóa trong số các nền kinh tế trọng điểm ở khu vực Đông Nam Á. Phần lớn cảng ở Việt Nam là cảng nhỏ, chỉ có 14 cảng được xem là mức trung bình của quốc tế như Hải Phòng, Cát Lái hay VICT nhưng đều là cảng biển ở trên sông. Các cảng biển đang trong quá trình container hóa và chỉ có thể tiếp nhận đội tàu nhỏ. Phần lớn cảng biển tại Việt Nam không được thiết kế cho việc bốc dỡ hàng hóa hiện đại, cụ thể, nhiều cảng nằm ngoài thành phố Hồ Chí Minh chỉ được thiết kế cho hàng rời, không có trang thiết bị bốc dỡ container chuyên dụng. Các cảng không có dịch vụ hàng hải trực tiếp kết nối Việt Nam với các cảng biển tại châu Âu hay Mỹ – vốn là những thị trường xuất khẩu chính của Việt Nam hiện nay. Việt Nam hàng năm vuột mất 1,7 tỉ đô la Mỹ do phải trung chuyển hàng xuất khẩu, nếu tính cả hàng nhập khẩu thì con số này lớn hơn nhiều, có thể gấp đôi, gấp ba. Thiếu cảng nước sâu cho tàu lớn, tàu mẹ nhưng thừa cảng nhỏ. Chi phí làm hàng ở cảng và vận tải biển chiếm 40-60% chi phí logistics của doanh nghiệp. Chi phí logistics tại Việt Nam gần như gấp đôi so với các nước công nghiệp khác, xuất phát từ việc thiếu thốn về hạ tầng và năng lực vận tải yếu kém. Hàng không hiện nay cũng không đủ phương tiện chở hàng cho việc chuyên chở vào mùa cao điểm. Chỉ có sân bay Tân Sơn Nhất là đón được các máy bay chở hàng quốc tế. Các sân bay quốc tế của nước ta vẫn chưa có nhà ga hàng hóa, khu vực hoạt động cho đại lý logistics gom hàng và khai quan như các nước trong khu vực. Hệ thống giao thông đường bộ chưa đảm bảo cho sự phát triển các loại hình vận tải mới. Hệ thống đường bộ hiện nay chỉ cho phép tải trọng 30 tấn. Trong khi đó trọng lượng container theo tiêu chuẩn quốc tế ISO 668 thì loại container 20feet là 20 tấn, loại 40feet là 30,5 tấn chưa kể trọng lượng vỏ. Như vây, nếu thực hiện đúng quy định thì phải rút ruột, san tải… gây rất nhiều phiền phức cũng như chi phí cho doanh nghiệp. Năng lực đường sắt không được vận dụng hiệu quả do chưa được hiện đại hóa: vẫn đang sử dụng 2 loại khổ ray khác nhau với tải trọng thấp. Chuyến tàu nhanh nhất chạy tuyến Hà Nôi- Tp Hồ Chí Minh (1726 km) hiện vẫn cần đến 32 tiếng đồng hồ. Trang thiết bị dành cho logistics còn yếu kém, lạc hậu thiếu đồng bộ, hệ thống kho bãi quy mô nhỏ, rời rạc; các phương tiện trang thiết bị như: xe nâng hạ hàng hóa, dây chuyền, băng tải, phương tiện đóng gói hàng hóa, đèn chiếu sáng.. nói chung còn thô sơ.