Chính sách bảo hộ mậu dịch được thể hiện dưới hệ thống thuế quan và phi thuế quan:
* Thuế quan : Ở Nhật Bản có hai loại mức thuế quan là mức thuế tự định (còn gọi là quốc định) và mức thuế hiệp định. Ngoài ra còn có 3 loại thuế đặc biệt là thuế khẩn cấp, thuế đối kháng và thuế chống phá giá. Nhật Bản sử dụng Hệ thống phân loại HS. Ở Nhật Bản có hai loại mức thuế quan là mức thuế tự định (còn gọi là quốc định) và mức thuế hiệp định.
1. Mức thuế tự định: được quy định trong luật thuế và chia làm ba loại: mức thuế cơ bản, mức thuế tạm thời và mức thuế ưu đãi:
– Mức thuế cơ bản: được quy định trong luật thuế hải quan. Đây là mức được áp dụng trong thời gian dài.
– Mức thuế tạm thời: được quy định theo luật thuế tạm thời. Đây là mức thuế mang tính tạm thời được áp dụng thay cho mức thuế cơ bản trong một thời gian nhất định trong trường hợp khó áp dụng mức thuế cơ bản.
– Mức thuế ưu đãi: là mức thuế áp dụng đối với hàng nhập khẩu từ các nước đang phát triển. Mức thuế này thấp hơn mức thuế nhập khẩu từ các nước phát triển.
2. Mức thuế hiệp định: là mức thuế được thoả thuận trong các hiệp định ký với nước ngoài. Trong đó qui định chỉ đánh thuế vào mặt hàng nào đó theo một mức thuế thấp. Mức thuế hiệp định cũng được áp dụng với những nước có thoả thuận cho nhau hưởng nguyên tắc đãi ngộ tối huệ quốc (MFN) trong quan hệ ngoại thương với Nhật Bản. Về nguyên tắc, mức thuế áp dụng theo thứ tự: mức thuế ưu tiên, mức thuế WTO, mức thuế tạm thời và mức thuế chung. Tuy nhiên, mức thuế ưu tiên chỉ được áp dụng khi thoả mãn các điều kiện trong Chương 8 của Luật áp dụng mức thuế ưu đãi. Mức thuế WTO chỉ áp dụng khi nó thấp hơn cả mức thuế tạm thời và mức thuế chung. Như vậy mức thuế chung áp dụng cho những nước không phải là thành viên của WTO, mức thuế WTO áp dụng cho những nước công nghiệp phương Tây và mức thuế ưu tiên áp dụng cho các nước đang phát triển. Tất nhiên nếu mức thuế tạm thời thấp hơn những mức thuế trên, nó sẽ được áp dụng.