Khi đã xác định xây dựng hệ thống trường đại học tinh hoa và tập trung cho việc nâng cao chất lượng tạo dựng thương hiệu thực sự, Việt Nam đang thực sự đối mặt với cuộc đua về thời gian và kinh phí. Do đó, có thể xem xét giải pháp ít "tốn kém hơn", đó là việc sáp nhập các trường đại học tinh hoa vào trong hệ thống đại học Quốc gia và tập trung nguồn lực đầu tư hoàn thiện. Khi đó, hệ thống các trường đại học trọng điểm chỉ còn tồn tại hai loại hình chính: đại học Quốc gia với các trường trực thuộc và các trường đại học vùng. Để làm được điều này cần giải quyết tốt 3 khâu chính:
+ Vấn đề phân cấp quản lý. Thông thường, việc sáp nhập thường dẫn đến "dư thừa" cán bộ, hệ thống lãnh đạo nhiều tầng khiến các trường không mặn mà do đó xu hướng tách riêng có phần nhiều hơn sáp nhập. Do đó nếu thực hiện hình thức sáp nhập cần đảm bảo về thực quyền quản lý cho các trường và mức độ độc lập trong hoạt động của các trường. Sáp nhập cơ bản chỉ nên có ý nghĩa tập trung các trường đại học lại để đầu tư xây dựng và phát triển thương hiệu.
+ Vấn đề tự chủ tài chính. Tự chủ tài chính cũng là một vấn đề quan trọng ngăn cản việc sáp nhập. Sáp nhập, dù muốn hay không thì các quyết định, hoạt động liên quan đến vấn đề tài chính cũng sẽ bị quản lý chặt chẽ hơn và gò bó hơn. Về vấn đề này, Nhà nước có thể đề ra chính sách cụ thể quy định rõ mức độ "tự do" của các trường trong các vấn đề liên quan đến tài chính và mức độ can thiệp của những cấp quản lý cao hơn.
+ Tính linh hoạt trong khâu quản lý đào tạo Để sáp nhập được các trường đại học hàng đầu vào hệ thống đại học tinh hoa của Quốc gia, khâu quản lý đào tạo là một trong những khâu cần phải nâng cấp và khắc phục nhiều nhất. Việc bồi dưỡng nghiệp vụ cán bộ phòng quản lý đào tạo nhằm đảm bảo cho việc dạy và học các trường diễn ra trôi chảy và có sự gắn kết chặt chẽ với nhau trong việc trao đổi sinh viên cũng như giảng viên giữa các ngành học cần phải được chú trọng mạnh mẽ. Nhìn chung, những thực tế còn tồn tại trong hệ thống giáo dục đại học nói chung và nhóm các trường đại học trọng điểm nói riêng không phải là vấn đề một sớm một chiều có thể giải quyết được. Việc nghiên cứu và đề xuất các giải pháp cụ thể như trên chỉ thuần túy dựa vào những phân tích từ thực trạng, mức độ ứng dụng thực tiễn đến đâu và liệu có được ứng dụng thực tiễn hay không phụ thuộc lớn vào chủ trương đường lối của Nhà nước.